사용법은 간단한데, "cipher /w:(원하는 드라이브 문자:)"를 명령 프롬프트에 입력하면 된다.
SSD, HDD 볼륨 전체의 데이터를 소거하고 싶을 때에는 디스크를 포맷한 후, 위의 방법을 이용해 Cipher로 소거를 진행하면 된다. 빠른 포맷을 이용하는 것을 추천하는데, 제로필 포맷을 이용해 포맷해 봐야 포맷에 이용되는 시간만 늘어나고, 상술한 이유로 데이터가 소각되지 않을 수 있기 때문이다. Cipher가 소거를 진행하는 과정에서 0을 쓰기 때문에 제로필과 동일한 효과를 얻을 수 있다. 추가적으로, BitLocker를 이용 가능하다면 BitLocker로 전체 파티션을 암호화한 후 Cipher를 이용하면 더 좋다.